Herzog Tassilo III. gründete das Kloster im achten Jahrhundert. Bis zur Säkularisation waren dort Benediktiner ansässig. Die heutigen Klostergebäude stammen mehrheitlich aus der Mitte des 18. Jahrhunderts. Heute wird das Kloster unter anderem durch das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege genutzt, das dort neben einer archäologischen Restaurierungswerkstatt mit Bauarchiv eine Fortbildungseinrichtung sowie eine umfangreiche Sammlung historischer Bauteile betreibt.
Am Tag des offenen Denkmals sind die Räumlichkeiten von 12.30 bis 17 Uhr geöffnet. Führungen durch das dendroarchäologische Labor (barrierearm) und durch die Bauteilesammlung (nicht barrierefrei) finden jeweils um 13, 14.30 und 16 Uhr statt und dauern circa 30 beziehungsweise 60 Minuten. Darüber hinaus bietet der Freundeskreis des Klosters Thierhaupten e.V. um 14.30 Uhr eine Führung durch das Kloster an.
