Herzog Tassilo III. gründete das Kloster im achten Jahrhundert. Bis zur Säkularisation waren dort Benediktiner ansässig. Die heutigen Klostergebäude stammen mehrheitlich aus der Mitte des 18. Jahrhunderts; die ursprünglich romanische Klosterkirche wurde barockisiert. Das wirtschaftlich autarke Kloster umfasste neben dem prächtigen Kapitelbau mit der Schaufassade auch eine umfangreiche Klosterökonomie. Heute wird das Kloster u. a. durch das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege genutzt, das dort neben einer archäologischen Restaurierungswerkstatt mit Bauarchiv eine Fortbildungseinrichtung sowie eine umfangreiche Sammlung historischer Bauteile betreibt. Mit etwa 6.000 Objekten aus allen Bereichen des Bauens wie Türen, Fenstern, Dachwerken, Dachziegeln und Wandaufbauten zählt die Sammlung zu den europaweit größten und bedeutendsten ihrer Art. Am Tag des offenen Denkmals finden Führungen durch das dendroarchäologische Labor (barrierearm) und durch die Bauteilesammlung (nicht barrierefrei) jeweils um 13, 14.30 und 16 Uhr statt und dauern circa 60 Minuten. Zu den Aufgaben des dendroarchäologischen Labors des Bayerischen Landesamts für Denkmalpflege (BLfD) gehört die Untersuchung aller Holzfunde aus archäologischen Ausgrabungen in Bayern. Darüber hinaus bietet der Freundeskreis des Klosters Thierhaupten e. V. um 14.30 Uhr eine Führung durch das Kloster an.
